O životě svatého Jana Duna Scota víme velmi málo; prakticky všechno, co o něm známe, souvisí s jeho učitelským dílem. Starobylý nápis na jeho hrobě shrnuje jeho životní cestu takto: Scotia me genuit, Anglia me suscepit, Gallia me docuit, Colonia me tenet, „Skotsko mne zrodilo, Anglie přijala, Francie vyučila, Kolín mne chová“. Narodil se zřejmě na přelomu let 1265 a 1266 v Dunsu v jihoskotském pohraničí; jeho jméno tedy znamená prostě „Jan Skot z Dunsu“. Do františkánského řádu vstoupil v Dumfries, kde byl představeným jeho strýc Elias Duns. Prvním jistým datem jeho života je kněžské svěcení: 17. března 1291 ho v kostele svatého Ondřeje v Northamptonu vysvětil lincolnský biskup Oliver Sutton. Z toho se usuzuje, že mu bylo tehdy kolem pětadvaceti let.
Studoval a vyučoval na univerzitách v Oxfordu a Paříži a patrně i v Cambridgi. Jeho hlavní díla jsou plodem těchto přednášek a nesou jména míst, kde vznikla: oxfordská Ordinatio neboli Opus Oxoniense, cambridgeská a pařížská Reportata. V Paříži ho zastihl spor, který prověřil jeho charakter. Francouzský král Filip IV. Sličný se dostal do ostrého konfliktu s papežem Bonifácem VIII. a v červnu 1303 požadoval, aby se všichni řeholníci a univerzitní učitelé připojili k výzvě, aby papeže soudil koncil. Duns Scotus to odmítl, a raději než by podepsal listinu namířenou proti náměstku Kristovu, spolu s dalšími bratry odešel do vyhnanství. Po smrti Bonifáce VIII. se vztahy urovnaly; Scotus se do Paříže vrátil nejpozději roku 1304 a na podzim téhož roku byl jmenován řádným profesorem teologie františkánského studia. Na podzim 1307 ho však představení z dodnes nevyjasněných důvodů poslali do Kolína nad Rýnem, kde přednášel na františkánském učilišti. Tam také nečekaně zemřel, podle tradice 8. listopadu 1308, ve věku pouhých dvaačtyřiceti či třiačtyřiceti let. Pohřben je ve františkánském kostele Neposkvrněného početí Panny Marie nedaleko kolínské katedrály.
Duns Scotus proslul především dvěma myšlenkami, které ho podle slov Jana Pavla II. činí „pěvcem vtěleného Slova a obráncem Neposkvrněného početí Mariina“. První se týká Krista. Scotus učil, že Syn Boží by se stal člověkem, i kdyby Adam nezhřešil. Vtělení podle něho není jen Božím záchranným zásahem po pádu, ale od věčnosti zamýšleným vrcholem stvoření, plánem Boží lásky, v němž je Kristus první ze všech tvorů. Druhá myšlenka se týká Panny Marie. Většina tehdejších teologů, včetně velkých dominikánů, víru v Mariino početí bez dědičného hříchu odmítala, protože se zdálo, že by Maria pak nepotřebovala Kristovo vykoupení. Scotus tuto námitku rozřešil učením o „předcházejícím vykoupení“: Maria byla vykoupena Kristem, ale dokonalejším způsobem než ostatní lidé. Kristova láska a prostřednictví ji před dědičným hříchem uchránily dřív, než by na ni mohl dopadnout. Neposkvrněné početí tak není výjimkou z vykoupení, ale jeho mistrovským dílem. Právě tento argument převzal papež Pius IX., když roku 1854 vyhlásil dogma o Neposkvrněném početí. Benedikt XVI. v katechezi z roku 2010 připomněl, že teologové jako Scotus jen dali pevný základ tomu, čemu Boží lid věřil už dávno předtím a vyjadřoval ve zbožnosti a umění. Scotus kladl velký důraz také na lásku a svobodu: Bůh tvoří ze svobodné lásky a člověk je povolán odpovědět mu stejně svobodnou láskou.
Jeho škola, skotismus, zůstala po staletí jedním z hlavních proudů katolické teologie a až do Francouzské revoluce byla zastoupena téměř na všech velkých evropských univerzitách. Úcta k němu se udržovala zvláště ve františkánském řádu a v diecézích, kde působil. Jan Pavel II. jeho kult 20. března 1993 slavnostně potvrdil a prohlásil ho za blahoslaveného. Jeho kanonizace doposud neproběhla. Irští františkáni v 17. století tvrdili, že pocházel z irského Downpatricku, a o jeho skotském původu se vedl dlouhý spor; dnes se obecně soudí, že se narodil ve skotském Dunsu.
V českých zemích zanechal Scotus výraznou stopu díky irským františkánům, kteří v Praze roku 1629 založili kolej Neposkvrněného početí Panny Marie. Lidově se jim říkalo hybernové, podle latinského názvu Irska, Hibernia, a dodnes po nich nese jméno Hybernská ulice. Irští františkáni byli horlivými skotisty a jejich pražská kolej se po půldruhého století stala jedním z center Scotova učení ve střední Evropě; o skotistickou filosofii se tu vedly i spory s Janem Caramuelem z Lobkovic. Kolej i kostel Neposkvrněného početí byly zrušeny za Josefa II. roku 1786 a v přestavěné budově dnes sídlí divadlo Hybernia. Je výmluvné, že Scotova učení se v Praze ujali právě v domě zasvěceném tajemství, jehož byl nejvýznamnějším obhájcem.
Bože, Otče všemohoucí, Tys dal blahoslavenému Janu Dunsu Scotovi bystrý rozum a srdce zapálené láskou k Tvému vtělenému Synu a k Jeho neposkvrněné Matce, a odvahu raději odejít do vyhnanství, než se zpronevěřit věrnosti církvi; dej i nám, abychom Tě hledali celým svým rozumem i srdcem, aby nás víra vedla k poznání a poznání k lásce, a abychom spolu s Pannou Marií sloužili Tvému Synu, který je počátkem i cílem všeho stvoření. Prosíme o to skrze Tvého Syna, našeho Pána Ježíše Krista, neboť On s Tebou žije a kraluje v jednotě Ducha svatého po všechny věky věků. Amen.
